Z románsko-gotické stavební fáze se dochovala příčná loď a fragmenty klenebních náběhů bývalé hlavní lodi a západní čtvercové věže.
V roce 1252 Bedřich věnoval město řádu německých rytířů. Ten v následujících desetiletích přestavěl sídlo na řádovou komendu a původní menší obdélný presbytář kostela nahradil dnešním větším chórem s pětibokým závěrem.
Řád německých rytířů přišel o město po roce 1411. Komendu a kostel poničil požár v roce 1408 a husitské plenění města v roce 1421. Jejich přestavbu na reprezentativní zámecké sídlo dle vzoru Albrechtsburgu v Míšni zahájil ambiciózní politik Beneš z Veitmile v 80. letech 15. století. Z této stavební fáze pochází známá sklípková klenba a některé architektonické detaily v prvním patře bývalého zámku (dnes prostory Oblastního muzea v Chomutově). Začleněním do nového organismu zámku zanikla původní hlavní loď i západní věž kostela, který začal sloužit jako zámecká kaple. Po Benešově smrti v roce 1496 pokračoval v přestavbě zámku jeho syn Šebestián a dokončil ji v roce 1520 již v raně renesančním stylu.
Další úpravy kostela pocházejí z let 1571–1588, z období luteránsky orientovaných Lobkoviců, kteří si v chrámu vytvořili rodové pohřebiště. S jeho budováním započal Bohuslav Felix Hasištejnský z Lobkovic († 1583) a pokračoval v něm jeho syn Bohuslav Jáchym. Na pohřebiště dnes upomínají fragmenty nástěnných maleb v presbytáři a příčné lodi a pozůstatky krypty u jižní zdi presbytáře.
Bohuslav Jáchym se chomutovského panství zřekl v roce 1588 ve prospěch silně prokatolicky zaměřeného Jiřího Popela z Lobkovic, který svěřil správu kostela jezuitům. Již v roce 1598 však zámek i kostel vyhořely a celý komplex byl do roku 1627 přestavěn na radnici.
Po zrušení jezuitského řádu v roce 1773 byl kostel odsvěcen, v roce 1790 ve veřejné dražbě prodán radnímu Klingerovi pro potřeby města a vnitřní vybavení bylo postupně rozprodáno, zničeno nebo odvezeno. Kostel začal být využíván jako skladiště, sýpka i vozovna a postupně chátral. Na opravu se pomýšlelo od konce 19. století, došlo k ní však až v roce 1937, kdy byly zajištěny jen nejvíce ohrožené části
Celkové rekonstrukce se kostel dočkal až na konci 20. století a v roce 2000 byl slavnostně otevřen. Dnes je využíván Oblastním muzeem v Chomutově k pořádání výstav a kulturních akcí. Částečně přístupné je také pozdně gotické a renesanční sklepení, do něhož se vstupuje předsíní v bývalé lodi kostela.
Virtuální prohlídku kostela najdete zde.
